İslâmi Cihad Hareketi'nin kuruluş merhalesinde bu hareketle Müslüman Kardeşler'in Filistin kolunu oluşturan "İslâmi Hareket" arasındaki ayrılığın temel noktasını askeri eylemlere geçiş konusu oluşturuyordu. İslâmi Cihad mensupları askeri eylemlere derhal geçilmesi gerektiğini, İslâmi Hareket ileri gelenleri ise bunun için henüz erken olduğu dolayısıyla eğitim çalışmalarına ağırlık verilmesi gerektiğini savunuyorlardı. İslâmi Cihad Hareketi'ni kuranların böyle ayrı bir oluşum oluşturmalarında birtakım fikri ayrılıkların yanı sıra bu konunun da önemli etkisi olmuştu. Bundan dolayı İslâmi Cihad mensubu gençler hareketin ortaya çıkmasından kısa bir süre sonra fiili eylemleri başlattılar. Bu dönemde gerçekleştirilen askeri eylemlerden bazıları şunlardır:
15 Ekim 1986'da Kudüs'te Mağribliler kapısı yakınında İsrail askerlerinin üzerine üç el bombası atılması eylemi. Askerlerin Ağlama Duvarı etrafında bir tören düzenledikleri sırada gerçekleştirilen bu eylemde yetmiş asker yaralandı, ayrıca askerlerden birinin babası hayatını kaybetti.
25 Mayıs 1987'de Galil Celusi adında bir siyonist Gazze'nin Şuca'iyye mahallesinde İslâmi Cihad mensubu mücâhidlerin kurşunlarıyla öldürüldü.
2 Ağustos 1987'de Gazze Merkezi Cezaevi'nden kaçan İslâmi Cihad Hareketi mensubu altı mücâhid İsrail askeri polisinin komutanlarından Kaptan Ron Tal'ı öldürdüler.
16 Ağustos 1987'de mücâhidler tarafından bir İsrail aracının taranması sonucu iki yolcu yaralandı.
6 Ekim 1987'de Gazze'nin Şuca'iyye mahallesinde İslâmi Cihad mensubu dört mücâhidle İsrail askerleri arasında çıkan çatışmada bir İsrail subayı öldürüldü. Çatışmada söz konusu dört mücâhid de şehid oldu.
Hareketin o dönemde bunların dışında da bazı eylemleri oldu.